Spécialiste du slalom en canoë, il a remporté des médailles d'or en 2000, 2004 et 2012 à Londres dans les épreuves C-1.
Il a participé à ses premiers Jeux olympiques en 2000 et y a remporté la médaille d'or à l'épreuve C-1.
Il a remporté un total de huit médailles d'or entre les Jeux olympiques et les championnats du monde.
Il est le fils de Henri Estanguet, qui pratique aussi le canoë en compétition.
Il a remporté la médaille d'or aux Jeux olympiques de 2004, la même année où le nageur Michael Phelps a remporté six médailles d'or.
